Əli Xamenei 17 iyul 1939-cu ildə (H.Ş. 24.04.1318; H.Q. 28.02.1358) İranın Məşhəd şəhərində atası Höccətül-İslam vəl-müslimin Seyid Cavad Xamneyinin evində anadan olmuşdur.
Əli Xamenei 4 yaşında qardaşı Məhəmmədlə birlikdə Quran və əlifba öyrənmişdir.
İbtidai təhsilini qardaşı Məhəmmədlə "Darut-təlime diyanəti" dini mədrəsəsində almışdır.
Əli Xamenei orta məktəbdə oxuduğu vaxtlardan “Camiul-muqəddəmat” kitabını, sərf və nəhv (ərəb dilinin qramatikası) elmini öyrənməyə başlamışdır. Sonralar hövzəyə qəbul olub, atasından və başqa din ustadlarından ərəb dilini öyrənmişdir”.
Əli Xamrnei ərəb dilini atasının nəzarəti altında (14 yaşında) “Süleyman xan” və “Nəvvab” mədrəsələrinin müəllimləri yanında “Camiul-muqəddəmat”, “Siyuti”, “Muğni” və s. kitablardan öyrənmişdir. “Kitabu məalim”i də həmin vaxtlarda oxumuşdur. 16 yaşından etibarən Ayətullahul-üzma Milaninin xaric dərslərində iştirak etməyə başlayır. Sonra “Şərayiul-İslam” və “Şərhe Lumə”ni atasının yanında, bu kitabların bir hissəsini Ağa Mirzə Mudərris Yəzdinin yanında, “Rəsail” və “Məkasib”i Şeyx Haşim Qəzvinidən, fiqh və üsul dərslərinin qalan bəhslərini atasından öyrənmişdir. Əli Xamneyi ruhani təhsilinin ilk mərhələlərini beş il yarım müddətində başa vurmuşdur. Əli Xamneyi məntiq və fəlsəfə elmlərini “Mənzumeye Səbzevari”dən əvvəlcə Ayətullah Mirzə Cavad Tehraninin yanında, sonra isə Şeyx Rzadan öyrənmişdir.Daha sonra Nəcəf şəhərinə yollanmış və burada iki il böyük ustadların yanında elm öyrənmişdir sonradan Qum elmi hövzəsinə yollanmış,burada 6 il islam elmlərini öyrənmişdir.Müxtəlif vaxtlarda İmam Xomeyninin ali fiqh(xaric) və üsul dərslərinə,habelə Ayətullah Burucerdinin və Əllamə Təbətəbainin fəlsəfə dərslərinə qatılmışdır.Ayətullah əl üzma Şəhrudi və Ayətullah əl üzma Burucərdidən içtihad təsdiqnaməsi almışdır.
• 1.İnqilab şurasının üzvü
• 2.Sistan və Bluçestan məmurluğu
• 3.İslam İnqilab ordusunun rəhbəri
• 4.Tehranın İmam Cüməsi (Ayətullahul-Üzma Taliqani (r.ə) vəfat etdikdən sonra İmam Xomeyni (r.ə) tərəfindən Tehranın İmam Cüməsi təyin olundu)
• 5.İmam Xomeynin (r.ə) ali müdafiə şurasındakı müşaviri
• 6.Ölkə Prezidentliyi.
Seyyid Əli Hüseyni Xamenei 1981-ci ildə Əbuzər adına məsciddə çıxış edən zaman münafiqlər və düşmənlər tərəfindən ağır yaralandı. Bu hadisədən sonra Imam Xomeyni (r.ə) onun barəsində belə buyurdu: "...Mən əziz Xameneiyə təbrik deyirəm ki, müharibə meydanında hərbi geyimdə, arxa cəbhədə isə ruhani geyimdə bu məzlum millətə xidmətə edir. Allahdan sizin üçün sağlamlıq istəyirəm ki, islam və müsəlmanlarına xidmətinizi davam etdirəsiniz."
İslam inqilabının banisi Imam Xomeyninin 1989-cu ildə vəfatından sonra "Xübrəqan" məclisi (Xübrəqan-müctəhidlərdən ibarət alimlər məclisidir) tərəfindən Əli Xamneyi islam inqilabının rəhbəri seçildi.